Wyższa Szkoła Inżynieryjno-Ekonomiczna w Rzeszowie na podstawie zawartych umów prowadzi współpracę z wieloma instytucjami naukowymi i uczelniami. Współpraca ta koncentruje się wokół wspólnych badań naukowych, wymiany publikacji naukowych, udziału pracowników w zajęciach dydaktycznych, udostępnianiu aparatury badawczej, udostępnianiu zasobów bibliotecznych oraz wsparciu w kształceniu kadry naukowo – dydaktycznej Uczelni, jak również organizacji studiów drugiego stopnia dla absolwentów WSI-E. Ponadto z wieloma jednostkami uczelnia współorganizuje seminaria i konferencje naukowe, współtworzy programy kształcenia na nowe kierunki studiów, bądź konsultuje już funkcjonujące, organizuje wymianę w ramach programu Erasmus. Natomiast studenci współorganizują np. dni kultury studenckiej.

Uczelnie zagraniczne i jednostki naukowe, z którymi współpracuje Wyższa Szkoła Inżynieryjno-Ekonomikczna z siedzibą w Rzeszowie:

–         Lwowski Narodowy Uniwersytet Rolniczy w Dublanach, Ukraina,

–         Słowacki Uniwersytet Rolniczy w Nitrze, Republika Słowacka,

–         Słowacki Uniwersytet Techniczny w Bratysławie, Republika Słowacka,

–         Wyższa Szkoła Ekonomii i Zarządzania w Administracji Publicznej w Bratysławie,

–         Odeski Uniwersytet Techniczny, Ukraina,

–         Uniwersytet Techniczny w Koszycach,

–         Narodowy Uniwersytet „Politechnika Lwowska”,

–         Hochschule Neubrandenburg, Niemcy.